Laboratorium pada Program Studi Ilmu Komputer (S2) STMIK Nusa Mandiri dilengkapi dengan peralatan terkini sebagai penunjang kurikulum untuk dapat menghasilkan lulusan yang berkualitas yang mampu menjawab tantangan dunia kerja sesungguhnya sesuai dengan Program Studinya. Saat ini Program Studi Ilmu Komputer (S2) STMIK Nusa Mandiri memiliki laboratorium -laboratorium sebagai berikut :
1. Laboratorium Data Mining
2. Laboratorium Image Processing
3. Laboratorium Software Engineering